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寡核苷酸的荧光素标记存在多种方法,标记物的选择需根据光谱需求进一步细化。5'-荧光素-CE亚磷酰胺(源自单一异构体6-羧基荧光素)、5'-六氯荧光素-CE亚磷酰胺(HEX)及5'-四氯荧光素-CE亚磷酰胺(TET)均可用于高效标记寡核苷酸5'末端。而使用3'-荧光素CPG则可实现寡核苷酸3'末端的荧光素标记。采用任何上述载体时,通过标准氢氧化铵裂解与去保护操作即可获得荧光素标记的寡核苷酸。