百萤课堂:Tide Fluor和Tide Quencher染料选择指南
今天百萤总结了AAT Bioquest研发的Tide Fluor和Tide Quencher两类染料的特点、使用方法等,希望可以为还不知道如何选择这两类产品的小伙伴一些帮助。
什么是Tide Fluor、Tide Quencher染料?
Tide Fluor和Tide Quencher是一类磷酰胺染料和CPG载体,用于制备FRET寡核苷酸,它们是经典染料(如FAM、HEX、TET和JOE)和优质低聚标记染料的替代品。AAT Bioquest的Tide Fluor 染料(如TF1,TF2,TF3,TF4,TF5,TF6,TF7和TF8)具有比典型的荧光团(如荧光素,罗丹明和花青素)更强的荧光性和更高的光稳定性。我们的TF2的激发和发射波长与羧基荧光素(FAM)的激发波长和发射波长基本相同,这使其易于用于荧光素的生物学应用,但TF2具有更强的性能。与FAM探针相比,TF2在生理条件下具有更强的荧光,并且光稳定性更高。相比荧光素和Cy染料(如AlexaFluor® 和Cy3,Cy5和Cy7),Tide Fluor 染料具有更高的成本效益。
图1.杂交诱导的分子信标寡核苷酸探针的荧光增强对比,该探针包含Tide Fluor 染料作为供体或Tide Quencher 染料作为受体。
除了杰出的Tide Fluor 供体染料外,Tide Quencher FRET受体染料(例如TQ1,TQ2,TQ3,TQ4,TQ5,TQ6和TQ7)经过优化,可与我们的Tide Fluor 染料和经典的荧光团(例如AMCA,EDANS,FAM,TAMRA,HEX,JOE,TET,ROX,Cy3,Cy5和Cy7)配对。与我们的Tide Fluor 供体染料一样,我们的Tide Quencher 受体染料与市场上其他同类产品相比,也具有更高的成本效益,可满足您所需的生物学应用。
为了方便研究,Tide Fluor 染料和Tide Quencher 染料拥有多种反应形式。对于寡核苷酸的合成标记,我们同时提供了Tide Fluor 和Tide Quencher 染料的亚磷酰胺及其CPG载体。对于寡核苷酸的后标记,我们提供氨基反应性和巯基反应性的Tide Fluor 和Tide Quencher 水溶性染料。
Tide Fluor与Tide Quencher特点
Tide Fluor染料 | Tide Quencher染料 |
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Tide Fluor与Tide Quencher系列产品选择指南
表1.Tide Fluor系列产品选择指南
Tide Fluor 染料 | Ex(nm) | Em(nm) | 主要应用功能* |
Tide Fluor 1(TF1) | 341 | 447 |
TF1被设计为EDANS荧光团的优良替代品,具有以下特征:
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Tide Fluor 2(TF2) | 499 | 522 |
TF2被设计为荧光素(FAM和FITC)的优良替代品,具有以下特征:
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Tide Fluor 3(TF3) | 560 | 580 |
TF3被设计为Cy3荧光团的优良替代品,具有以下特征:
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Tide Fluor 4(TF4) | 588 | 610 |
TF4被设计为ROX和Texas Red荧光团的优良替代品,其具有以下特征:
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Tide Fluor 5(TF5) | 649 | 664 |
TF5被设计为Cy5荧光团的优良替代品,具有以下功能:
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Tide Fluor 6(TF6) | 676 | 695 |
TF6被设计为Cy5.5荧光团的优良替代品,具有以下功能:
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Tide Fluor 7 (TF7) | 749 | 775 |
TF7被设计为Cy7荧光团的优良替代品,具有以下功能:
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Tide Fluor 8 (TF8) | 775 | 807 | TF8是AAT Bioquest目前提供的长波长的Tide Fluor 染料。其缀合物可用于基于NIR荧光探针的体内成像分析。 |
表2.Tide Quencher系列产品选择指南
Tide Quencher染料 | 吸收(nm) | 主要应用功能* |
Tide Quencher 1(TQ1) | 〜490 |
TQ1被设计为DABCYL优良淬灭剂的替代品,具有以下特征:
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Tide Quencher 2(TQ2) | ~520 |
TQ2被设计为FAM,HEX,TET,JOE,TF2和罗丹明6G的优良淬灭剂,具有以下特征:
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Tide Quencher 3 (TQ3) | ~570 |
TQ3被设计为TAMRA,TF3和Cy3的优良淬灭剂,具有以下特征:
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Tide Quencher 4 (TQ4) | 〜600 |
TQ4被设计为ROX、TF和Texas Red的优良淬灭剂,具有以下特点:
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Tide Quencher 5(TQ5) | ~660 |
TQ5被设计为Cy5和TF5的优良淬灭剂,具有以下特征:
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Tide Quencher 6 (TQ6) | ~700 |
TQ6被设计为Cy5.5和TF6的优良淬灭剂,具有以下功能:
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Tide Quencher 7(TQ7) | ~760 |
TQ7被设计为Cy7和TF7的优良淬灭剂,具有以下功能:
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选择FRET的供体和受体
供体分子和受体分子的选择可以相同,也可以不同。在大多数应用中,它们是不同的染料。FRET既可以通过受体敏化荧光的出现,也可以通过供体/受体的强度比变化(如果受体是荧光的)或供体荧光强度的降低来检测。在后一种情况下,受体可以是荧光的或非荧光的。各种D/A对的Ro值可以明确的看出FRET的效率,FRET对的Ro值越大,FRET效率越高。荧光素/四甲基罗丹明对已被广泛地用于开发FRET的分析。EDANS/DABCYL对已被广泛用于开发FRET的核酸探针和蛋白酶底物。MCA(7-甲氧基香豆素-4-乙酸)和DNP(2,4-二硝基苯胺)是开发荧光探针的另一对供体/受体。与EDANS/DABCYL对相比,MCA/DNP对的荧光信号波长通常较短且较弱。然而,由于波长较小,MCA/DNP对往往表现出更好的亲和力。DNP也是一种很好的FRET受体,与色氨酸(Trp)、2-氨基苯甲酸(Abz)或Abz衍生物(如Abz(N-Me))配对。
表3.一些D/A对的Ro值
供体 | 受体 | Ro(Å) |
荧光素 Fluorescein | 四甲基罗丹明 Tetramethylrhodamine | 49-56 |
IAEDANS | FITC | 49 |
IAEDANS | 5-(碘乙酰胺基)荧光素 5-(Iodoacetamido)fluorescein | 49 |
荧光素 Fluorescein | 荧光素 Fluorescein | 44 |
EDANS | DABCYL | 33 |
色氨酸 Tryptophan | IAEDANS | 22 |
色氨酸 Tryptophan | 磺酰 Dansyl | 21-24 |
色氨酸 Tryptophan | Pyrene | 28 |
磺酰 Dansyl | 荧光素 Fluorescein | 33-41 |
奈 Naphthalene | 磺酰 Dansyl | 22 |
芘 Pyrene | 香豆素 Coumarin | 39 |
B-藻红蛋白 B-Phycoerythrin | Cy5 | 79 |
表4.Tide Quencher 染料FRET应用推荐
注.建议使用绿色标记的FRET对,用青色标记的对可以使用,但效率不如绿色对标记。我们已经验证,这些推荐的FRET对在我们的蛋白酶和核酸检测分析中已表现出高灵敏度和低背景。除FRET效率外,还需要考虑其他因素,例如pH,多路复用和缓冲液干扰等。
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